Los franciscanos arribaron a la ciudad de Cusco en los primeros años de la conquista, se asentaron primero en el actual barrio de San Blas,luego estuvieron en la plazoleta de Nazarenas, en el palacio de Pachacuteq sobre la plaza de Armas, finalmente se ubicaron en la actual plaza de San Francisco en 1549.

Sobre el arquitecto que diseño e inicio la obra no se sabe nada pero si se sabe quien la concluyo en 1652, fue el arquitecto cusqueño Francisco Domínguez Chávez y Arellano quien trabajo como albañil mayor.

La iglesia es de una estructura simple pero solida,fue fabricada con piedra andesita sacada de construcciones incaicas, cuenta con una sola torre y dos puertas de ingreso. La iglesia fue modernizada por un Prior quien mando a destruir las obras originales y mando a construir obras neoclásicas de yeso, siendo una de esas obras el altar mayor, donde se encuentra a San Francisco de Asís en la parte central y mas arriba la Inmaculada Concepción, existen además otros 11 altares menores también de yeso y un pulpito hecho de madera cedro.

Cuenta con un claustro que es elmás antiguo de la ciudad, en cuya construcción se uso tendencias renacentistas y otras influencias, encontramos en su interior un impresionante artesonado que seguramente es el más grandedel continente mide 12m de alto por 9m de ancho, obra realizada por Juan Espinoza de los Monteros en 1699, representa doce ramas de la orden de los franciscanos, contiene 683 personajes, 224 escudos nobiliarios y 203 leyendas biográficas. Cuenta también con un coro alto hecho en madera cedro y tallado por los propios franciscanos Fray Luis Montes, Isidro Fernández Inca y Antonio de Paz en 1652, este coro contiene las imágenes de 93 santos.